苹果发布AI蛋白质设计模型SimpleDesign预印本

苹果旗下机器学习研究院（Apple Machine Learning Research）于9月7日发布AI蛋白质设计模型SimpleDesign的预印本。该模型是苹果在AI蛋白质设计领域的首个成果，能够同步生成全新蛋白质的氨基酸序列与三维骨架。

SimpleDesign是一款蛋白质多模态生成Transformer，将折叠、逆向折叠、序列生成、结构生成、序列-结构协同生成整合进同一数学框架。与主流模型不同，SimpleDesign删除了结构标记器（Structure Tokenizer），无需多阶段训练。模型基于约6.5亿参数的ESM2-650M，仅使用200万组序列与结构配对数据训练，最高实现84%的计算自洽率（scTM≥0.9），优于此前MoT版本的74%，也超过了带结构分词器的ESM3模型（论文对比的是其14亿参数的开源最小版本）。

这并非苹果首次在AI蛋白质领域亮相。2025年9月，该团队曾发布蛋白质折叠模型SimpleFold，同样主打极简路线，基于流匹配，仅使用通用Transformer层，删除了MSA、三角形注意力等昂贵模块，即可达到AlphaFold2超90%的性能，并将算力成本下降90%。

苹果在AI for Science领域整体较为低调，相关成果主要集中在机器学习研究院，以学术研究为主。SimpleDesign的发布进一步展示了其将Transformer架构应用于复杂生物学任务的探索。